Những sai phạm trong tu bổ chùa Sổ được xác định gồm: không xây dựng nhà bao che công trình, khi hạ giải cấu kiện, thành phần kiến trúc; hệ kết cấu gỗ của tam bảo chưa được đánh dấu ký hiệu theo thành phần trên bản vẽ kiến trúc khi hạ giải; tự ý xây dựng thêm công trình lầu lục giác (không có trong nội dung được phép tu bổ). Sau khi nhận được yêu cầu của Sở Văn hoá, Thể thao và Du lịch, UBND huyện Thanh Oai đã chỉ đạo các cơ quan chức năng nhanh chóng khắc phục sai phạm. Vào thời điểm hiện tại, ngày 21-7, Công ty xây dựng số 10 đang cho xây dựng nhà bao che toàn bộ công trình. Nhà bao che đã xong phần khung thép, chuẩn bị được lợp mái tôn. Toà tam bảo của chùa đang được được đánh dấu những cấu kiện còn lại và hạ giải nốt. Tuy nhiên, việc xác định thành phần cấu kiện gặp khó khăn, do phần phần lớn cấu kiện đã bị hạ giải trước đó mà không được đánh dấu. Đơn vị thi công sẽ đối chiếu với ảnh chụp trước đó để so sánh, thực hiện việc đánh dấu để tránh bị nhầm lẫn. Toàn bộ những viên gạch bó hậu đường mang phong cách thời Mạc đã bảo quản tạm che bằng bạt xây dựng trong khi chờ bổ sung nhà bao che.
Riêng với công trình lầu lục giác bằng bê tông, UBND xã Tân Ước yêu cầu sư trụ trì phải tháo dỡ do vi phạm nghiêm trọng Luật Di sản, do xây dựng trong khu bảo vệ cấp 1 và không được phép. Nếu nhà chùa không tháo dỡ, UBND xã Tân Ước sẽ thực hiện cưỡng chế.
Sở Văn hóa Thể thao và Du lịch Hà Nội giao cho Ban quản lý di tích danh thắng Hà Nội hướng dẫn, kiểm tra việc khắc phục những thiếu sót tại di tích chùa Sổ. Trên cơ sở báo cáo kết quả thực hiện của Ban quản lý di tích danh thắng và báo cáo toàn bộ quá trình lập, triển khai thực hiện dự án của UBND huyện Thanh Oai. Dự kiến, hết tháng 7 này, việc dựng nhà bao che và đánh dấu cấu kiện được hoàn thành. Căn cứ vào kết quả khắc phục, Sở Văn hóa Thể thao và Du lịch sẽ có ý kiến đối với việc thi công tiếp theo của dự án.
Vụ vi phạm tại chùa Sổ tiếp tục phơi bày những yếu kém trong công tác trùng tu, quản lý trùng tu di tích trong thời gian qua.