Trước đó, trong trận lốc ngày 21-9-2014, một cây trám đen cổ thụ trong vườn chùa đã bị đổ làm hư hại bốn ngôi tháp và một số đồ thờ (trong đó hai ngôi hư hại nặng, hai ngôi hư hại nhẹ) và đổ một đoạn tường bao phía trước vườn tháp. UBND Thành phố Hà Nội đã đồng ý để Sở Văn hóa và Thể thao hướng dẫn UBND huyện Chương Mỹ thực hiện việc tu sửa theo đúng các quy định của pháp luật. Việc tu sửa cấp thiết được kinh phí thực hiện bằng nguồn kinh phí do nhà chùa tự bố trí. Các hạng mục được tu sửa gồm vườn tháp và mái nhà ni chùa Trăm Gian.
Tuy nhiên, thời gian qua, dư luận phản ánh quá trình tu bổ xảy ra nhiều sai phạm, gồm: nhà chùa để tồn tại một xưởng trong khuôn viên di tích, gây mất mỹ quan; tu sửa nhà ni, vườn tháp không đúng phướng án tu sửa đã được phê duyệt.
Sau khi có thông tin phản ánh trên một số báo chí, Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội đã cử cán bộ kiểm tra tại di tích, xác minh những sai phạm.
Ngày 22-9-2015, Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội có văn bản đề nghị UBND huyện Chương Mỹ chỉ đạo, khắc phục việc quản lý và rà soát các nội dung tu sửa theo hồ sơ đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, báo cáo kết quả thực hiện về Sở Văn hóa và Thể thao trước ngày 5-10-2015.
Theo kết quả báo cáo của UBND huyện Chương Mỹ và kết quả kiểm tra lại của Ban Quản lý Di tích và danh thắng Hà Nội (thuộc Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội), đến nay, nhà chùa đã thực hiện xong việc di chuyển toàn bộ nhà xưởng và các cấu kiện gỗ sơ chế, bảo đảm vệ sinh cảnh quan của di tích. Đối với tu sửa cấp thiết vườn tháp và mái nhà ni, nhà chùa chưa thực hiện đúng phương án tu sửa cấp thiết đã được duyệt. Cụ thể: Phần tường bao vườn tháp bị làm mới bằng chất liệu đá (tường cũ bằng gạch); hai tháp nhỏ tu sửa không đúng nguyên trạng; nhà ni bị xây mới thêm một gian so với nguyên gốc.
Trước thực trạng trên, Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội đề nghị UBND huyện Chương Mỹ khẩn trương chỉ đạo, tổ chức hội nghị xin ý kiến của các cấp quản lý di tích, các chuyên gia để đánh giá mức độ ảnh hưởng của việc tu sửa trên đối với các yếu tố gốc của di tích và đề xuất biện pháp xử lý phù hợp, khắc phục thực hiện xong trong tháng 11-2015.