Việc vinh danh lần thứ hai này dựa vào hai tiêu chí nổi bật đại diện cho các tiến trình sinh thái trong sự tiến hóa và phát triển của các hệ sinh thái trên cạn và sở hữu môi trường sống tự nhiên có ý nghĩa nhất đối với việc bảo tồn đa dạng sinh học.
Như vậy, sau khi được công nhận là Di sản thế giới vào tháng 7 năm 2003 theo tiêu chí giá trị ngoại hạng về địa chất và địa mạo thì Phong Nha - Kẻ Bàng lại một lần nữa được vinh danh.
Ủy ban Di sản Thế giới cũng chấp thuận mở rộng vườn quốc gia từ diện tích 85,754 ha lên diện tích 123,326 ha. Đây là một trong hai hồ sơ Di sản thiên nhiên được duyệt trong tổng số năm hồ sơ đệ trình lần này.
Nếu như trước đây, vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng được biết đến là khu vực có kiến tạo karst cổ nhất và lớn nhất châu Á mang trong mình nhiều bằng chứng về các giai đoạn lịch sử hình thành về địa chất của vỏ Trái đất với hệ thống hang động, sông ngầm phong phú, đa dạng trong đó có Sơn Đoòng - hang động có cảnh quan thiên nhiên kỳ vỹ và lớn nhất thế giới thì giờ đây Phong Nha - Kẻ Bàng lại được biết đến là khu vực chứa đựng những giá trị nổi bật toàn cầu về hệ sinh thái và đa dạng sinh học.
Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng có rừng nhiệt đới ẩm, còn tương đối nguyên vẹn trên núi đá vôi với độ che phủ chiếm 94%, trong đó 84% là rừng nguyên sinh. Vườn có hơn 2,934 loài thực vật bậc cao có mạch và hơn 800 loài động vật có xương sống, trong đó có nhiều loài nằm trong Sách đỏ của Tổ chức Bảo tồn thiên nhiên thế giới (IUCN) và chỉ tồn tại một số nơi ở trên thế giới. Mức độ đặc hữu ở khu vực này được xác định là cao với hơn 400 loài thực vật của Việt Nam và 38 loài động vật của dãy Trường Sơn. Có nhiều loài mới được ghi nhận như bò cạp hang động, cá, thằn lằn, rắn, rùa. Đặc biệt quan trọng, ở đây có bốn phân loài linh trưởng đặc hữu đang bị đe dọa gồm: voọc Hà Tĩnh, phân loài voọc Hà Tĩnh, chà vá chân nâu, vượn đen má trắng.
Sự kiện vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng được công nhận theo tiêu chí mới về Di sản thiên nhiên thế giới là một vinh dự cho không chỉ tỉnh Quảng Bình mà còn của Việt Nam.